Daniel Mende studeerde bio-informatica aan de Universiteit van Frankfurt (Duitsland) voordat hij naar het Europees Laboratorium voor Moleculaire Biologie in Heidelberg (Duitsland) verhuisde voor zijn PhD-studie bij Peer Bork (2009-2013) met een focus op het menselijk microbioom en de ontwikkeling van methoden voor de analyse ervan.

Voor zijn postdoctorale studies verhuisde Daniel in 2014 naar de Universiteit van Hawaï om samen met Ed DeLong te werken aan microbiële gemeenschappen in de oceanen.

In 2019 startte hij zijn eigen onderzoeksgroep in het Amsterdam UMC om de rol, evolutie en biologie van het humane microbioom en pathogenen te bestuderen met het Laboratorium voor Toegepaste Evolutionaire Biologie.