Professionele loopbaan
Huub C.J. Hoefsloot behaalde een masterdiploma in wiskunde (1987) en promoveerde in chemische technologie / numerieke wiskunde (1992). In 1991 begon hij als universitair docent aan de Universiteit van Amsterdam. In 2000 werd hij universitair hoofddocent en in 2001 trad hij toe tot de onderzoeksgroep Biosystems Data Analysis (SILS). Van 2012 tot en met 2021 was hij één dag per week directeur van de masteropleiding Life Science: Bio-informatica & Systeembiologie. Hij geeft les in verschillende vakken op zowel master- als bachelorniveau. Hij was dagelijks begeleider van meer dan 25 promovendi en postdocs en begeleidde talrijke master- en bachelorstudenten. Hij heeft meer dan 150 peer-reviewed artikelen gepubliceerd over simulaties en data-analyse op het gebied van scheikunde, natuurkunde, techniek, levenswetenschappen en onderwijs.
Onderzoek
Zijn belangrijkste onderzoeksgebied is het opstellen en valideren van (dynamische) modellen van complexe biologische/chemische processen. Het doel van deze onderzoekslijn is om het dynamische gedrag van biologische systemen beter te begrijpen. Dit onderzoek bevindt zich op het raakvlak van wiskunde, computationele wetenschap en computationele biologie. De gebruikte methoden zijn doorgaans in de vorm van stelsels van differentiaalvergelijkingen, agentgebaseerde modellen of combinaties daarvan. Met deze instrumenten kan zowel het dynamische gedrag van moleculaire netwerken als cellulaire interacties worden gesimuleerd. Deze simulaties moeten voorspellende waarde hebben en bij het opstellen van de modellen moet rekening worden gehouden met experimentele gegevens en de kennis van deskundigen. Voorbeelden van systemen die momenteel in deze onderzoekslijn worden bestudeerd, zijn: optimale meetprotocollen voor enzymkinetiek (NWO-TA Moonlight, samen met Jesse Alderliesten), modellen van glucosinolaatroutes in planten (NWO-LTP Plant-XR, samen met Jordan Earl), een agentgebaseerd model voor het kiemcentrum (in samenwerking met de AUMC-groep van Kampen) en de interactie tussen het microbioom en het immuunsysteem bij jonge zuigelingen (NWA-ORC METAHEALTH, samen met Shivam Kumar).
Websites:
