Algemeen doel
Het verzamelen van gegevens over – en analyseren van associaties tussen microbiële, gedrags- en socioculturele factoren in relatie tot de orale en metabole gezondheid van kinderen gedurende de eerste 1000 dagen van hun leven, in het bijzonder bij kinderen uit gezinnen die in kwetsbare omstandigheden (zullen) verkeren.
Doelstellingen met betrekking tot het orale en darmmicrobioom
Doelstellingen met betrekking tot orale en metabole gezondheidsuitkomsten
Informatie verzamelen over orale en metabole gezondheid bij kinderen in de eerste 1000 dagen, beoordelen of/hoe ze samenhangen en hoe microbiële, gedrags- en sociodemografische factoren samenhangen met zowel orale als metabole gezondheidsuitkomsten.
Doelstellingen met betrekking tot socioculturele factoren en praktijken
Actieve periode
Jaar 1-8
ACTA, AUMC, UvA-FMG, VU, Inholland, UPorto, TNO Microbiology & Systems Biology, TNO Child Health.
GGD, Sarphati Amsterdam, NVvK, JTV Amsterdam, Bètapartners, PANEL, NCJ, Food4Smiles, PHAROS, Gezonde en Kansrijke start, NIBI, BaseClear.
December 2025
Het onderzoek in WP 2 richt zich op drie onderdelen: 1) het includeren van deelnemers en verzamelen van data in de drie cohortstudies: de Amsterdam Infant Microbiome Study (AIMS), de OralBioBorn studie en de Sarphati Etnografie studie, 2) analyse van het orale en darmmicrobioom in relatie tot gezondheid aan de hand van monsters van moeder-kindparen uit AIMS en OralBioBorn, en 3) verzameling en analyse van kwalitatieve gegevens over gezondheidspraktijken binnen Sarphati Ethnography.
AIMS is een prospectief geboortecohortonderzoek, geleid door de GGD Amsterdam, waarin kinderen uit Amsterdam en hun familieleden vanaf de zwangerschap tot de leeftijd van drie jaar worden gevolgd om de ontwikkeling van het microbioom en het effect daarvan op de ontwikkeling en groei van kinderen te bestuderen. In november 2024 was de werving van gezinnen voltooid, waarbij 500 kinderen en hun ouders waren opgenomen via zwangerschapscentra en de inloopuren voor vaccinaties van de babywell-klinieken.
De derde rapportageperiode van het MetaHealth-project was gericht op het continu verzamelen van biologische monsters, vragenlijstgegevens en antropometrische en mondgezondheidsmetingen in samenwerking met de GGD, ACTA en JTV Amsterdam. In december 2025 hebben 184 van de gezinnen het driejarige onderzoeksprotocol voltooid en zijn 4400 biologische monsters van deze gezinnen door BaseClear gesequenced en klaar om te worden geanalyseerd. Het onderzoek binnen WP2 met behulp van AIMS-gegevens wordt uitgevoerd door promovendi Nicholas Pucci en Iuri Godinho Mimoso, postdoc Susanne Pinto en het supervisieteam.
Het afgelopen jaar hebben we de analyse van de AIMS-darmpilootstudie afgerond en de resultaten gepubliceerd (Puck et al., PeerJ, 2025; zie Resultaten hieronder). In deze studie hebben we nieuw gesequenteerde darmmicrobioommonsters van moeder-kindparen in de Amsterdam Infant Microbiome Study (AIMS) geanalyseerd, evenals vier openbaar beschikbare datasets, om belangrijke milieu- en bifidobacteriële kenmerken te identificeren die verband houden met het kolonisatie- en successieresultaat van de subspecies B. longum. Tegelijkertijd hebben we de bijbehorende orale microbioomdataset van dezelfde moeder-kindparen geanalyseerd. Shotgun-metagenomica werd uitgevoerd op een tijdreeks van het orale microbioom van zuigelingen, en een meta-pangenomica-benadering werd gebruikt om nieuwe interactieve soorten te identificeren. Deze analyse bracht significante co-occurrences aan het licht tussen twee voorheen niet-beschreven Streptococcus– en Rothia-soorten, die tot de meest voorkomende en prevalente bacteriën in het orale microbioom van kinderen in de speenperiode behoorden. Het manuscript waarin deze bevindingen worden beschreven, is momenteel in voorbereiding.
Het onderzoek in het komende jaar zal zich richten op hoe meerdere omgevingsfactoren, waaronder de gezondheid van de ouders, de wijze van bevallen, het dieet, de mondhygiëne en de sociaaleconomische status, afzonderlijk en gezamenlijk van invloed zijn op de verwerving en rijping van het orale en darmmicrobioom, waarbij causale inferentiemethoden worden gebruikt om de samengestelde effecten te kwantificeren.
OralBioBorn is een geboortecohortstudie onder leiding van de Universiteit van Porto, in samenwerking met MetaHealth, waarbij moeder-kindparen worden gevolgd tot het derde levensjaar van het kind. De studie volgt een vergelijkbaar protocol als AIMS. Het doel van de studie is om meer inzicht te krijgen in de longitudinale evolutie van het microbioom bij moeder-kindparen en om de impact van cardiometabole aandoeningen bij de moeder op de dynamiek van het microbioom in de vroege levensjaren te onderzoeken. In maart 2025 had het OralBioBorn-cohort 300 zwangere vrouwen gerekruteerd, van wie 50% cardiometabole aandoeningen heeft, met name obesitas, hypertensie en/of zwangerschapsdiabetes. Er worden biologische monsters, waaronder mondswabs en feces, verzameld, samen met uitgebreide klinische metadata, waaronder chronische en acute mond- en cardiovasculaire aandoeningen, obstetrische en perinatale geschiedenis, medicijngebruik, voeding en gezondheidsgerelateerd gedrag. Tot maart 2025 zijn 800 biologische monsters gesequenced door BaseClear. Dit onderzoek wordt uitgevoerd door promovendus Inês Magalhães en assistent Manuel Baptista en het onderzoeks- en supervisieteam, met financiering van MetaHealth, in samenwerking met het OralBioBorn/Perimyr-team.
In 2025 werd een onderzoek uitgevoerd om na te gaan of obesitas bij moeders invloed heeft op het vermogen van de darmmicrobiota van zuigelingen om de activering van immuuncellen te stimuleren. Aan de hand van ontlastingsmonsters van zuigelingen van gezonde en zwaarlijvige moeders testten onderzoekers de effecten op dendritische cellen en T-cellen. Uit de resultaten bleek dat de darmmicrobiota van zuigelingen deze immuuncellen kon activeren, maar voorlopige bevindingen suggereren dat obesitas bij moeders geen significante invloed had op de activering van het immuunsysteem tijdens het eerste levensjaar. We concluderen dat verder onderzoek nodig is om andere mogelijke effecten van obesitas bij moeders op de ontwikkeling van het immuunsysteem te onderzoeken.
Sarphati Ethnography Cohort volgt 20 huishoudens in Amsterdam vanaf de zwangerschap tot het eerste kind vier jaar oud is, en onderzoekt hoe diverse dagelijkse opvoedingspraktijken en het gedrag van kinderen zich in de loop der jaren ontwikkelen en hoe deze worden beïnvloed door sociale factoren (Sarphati Amsterdam 2021). Momenteel zijn er 20 actieve gezinnen, samen met vier nieuwe contacten die mogelijk binnenkort tot het panel zullen toetreden (we streven naar 25 gezinnen). De gegevens worden verzameld aan de hand van interviews en participerende observaties en er wordt drie tot vier keer per jaar contact opgenomen met de gezinnen. De interviews en observaties onderzoeken hoe kinderpraktijken, zoals eten, slapen, lichaamsbeweging en hygiëne, zich ontwikkelen en hoe ouders omgaan met microben door middel van hygiëne- en schoonmaakpraktijken. Tegelijkertijd werken we ook aan een nevenproject om gezinnen te interviewen die hun deelname aan het AIMS-cohort beëindigen, met als doel de mogelijke effecten van deelname aan onderzoek op hun gezondheid (en microbioomgerelateerde) praktijken te onderzoeken.
Het onderzoek wordt uitgevoerd door postdoc Carla Ferreira Rodrigues en het onderzoeks- en supervisieteam. Het afgelopen jaar is het Sarphati Ethnography-team enigszins herschikt en hebben we nu twee junior sociale wetenschappers – Zana Chadud Cosac en Lola Kurpershoek – die met ons samenwerken aan de werving, maar ook aan de verzameling, het beheer en de analyse van gegevens.
De initiële kolonisatie van de darm van een zuigeling is een complex proces dat de basis legt voor een gezonde ontwikkeling van het microbioom. Bifidobacterium longum is een van de eerste kolonisatoren van de darm van pasgeborenen en speelt een cruciale rol in de gezonde ontwikkeling van zowel de gastheer als zijn microbioom. B. longumvertoont echter een aanzienlijke genomische diversiteit, waarbij ondersoorten (bijv. Bifidobacterium longum subsp. infantisen subsp. longum) verschillende ecologische en metabolische strategieën vertonen, waaronder verschillende capaciteiten om menselijke melkglycanen (HMG’s) af te breken. Om een gezonde ontwikkeling van het microbioom van zuigelingen te bevorderen, is een goed begrip nodig van de factoren die de dynamiek van het microbioom van zuigelingen bepalen.
We analyseerden nieuw gesequencede darmmicrobioommonsters van moeder-kind paren van de Amsterdam Infant Microbiome Study (AIMS) en vier publiek beschikbare datasets om belangrijke omgevings- en bifidobacteriële kenmerken te identificeren die geassocieerd worden met het kolonisatiesucces en de opvolgingsresultaten van B. longumsubspecies. Metagenoom-geassembleerde genomen (MAGs) werden gegenereerd en beoordeeld om kenmerken van B. longum subspecies te identificeren in relatie tot darmkolonisatie tijdens het vroege leven. Verder implementeerden we ‘machine learning tools’ om significante kenmerken te identificeren die geassocieerd worden met de abundantie van B. longum subsoorten.
B. longum subsp. longum was de meest voorkomende en overvloedige darm-Bifidobacterium na één maand, en werd vervangen door B. longum subsp. infantisna na zes maanden. Door gebruik te maken van metagenoom-geassembleerde genomen (MAGs), onthullen we significante verschillen tussen en binnen B. longumsubsoorten in hun vermogen om HMGs af te breken. We combineerden stamtracering, meta-pangenomics en machine learning om deze overvloeddynamiek te begrijpen en vonden een samenspel van prioriteitseffecten, melkvoedingstype en HMG-gebruikspotentieel om deze overvloed gedurende de eerste zes levensmaanden te bepalen. We vinden hogere abundanties van B. longum subsp. longumin het maternale darmmicrobioom, verticale transmissie, moedermelk en een breder scala aan HMG-gebruikende genen om de abundantie te bevorderen op de leeftijd van één maand. Uiteindelijk vinden we dat B. longum subsp. longum wordt vervangen door B. longum subsp. infantis op de leeftijd van zes maanden door een combinatie van voedingsinname, HMG-utilisatiepotentieel en een afname van prioritaire effecten.
Onze resultaten stellen een ecologisch raamwerk op stamniveau vast dat de overvloeddynamiek van B. longumondersoorten op jonge leeftijd verklaart. We benadrukken de rol van prioriteitseffecten, voeding en significante variabiliteit in HMG-benuttingspotentieel bij het bepalen van de voorspelbare kolonisatie- en successieprocessen van B. longum ondersoorten, met mogelijke implicaties voor het bevorderen van de gezondheid en het welzijn van zuigelingen.
Lees meer
